Zorunlu E-Fatura kapsamında bulunan firmalar E-Defter kullanmak zorundadırlar. E-Defter, tutulması zorunlu olan defterlerde yer alması gereken bilgileri kapsayan elektronik kayıtlar bütünüdür. Kullanılan E-Defterlerde arşivleme için herhangi bir maliyet bulunmamaktadır. E-Defter saklama işlemi ayda bir mali müşavir, muhasebeci ya da firma sahibi tarafından yapılır. GİB tarafından belirlenen format ve standartlara uygun olarak tutulan E-Defterler, kağıt baskıya dökülmeden kaydedilir, değişmezliği ve kaynağının güvenilirliği garanti altına alınır. Bunu da gerçek kişiler için elektronik imza, firmalar yani tüzel kişiler için de mali mühür gibi uygulamalarla sağlar. E-Defter uygulaması muhasebe programına bağlı olmadan, bütün muhasebe programlarından kayıtları alarak E-Defter oluşturur.